As instalações do IPPDS constituem uma edificação de três pavimentos. No primeiro pavimento encontram-se as unidades administrativas, um auditório com capacidade para 100 pessoas, salas para videoconferência e laboratório.

No segundo pavimento tem-se laboratórios para o desenvolvimento das atividades dos grupos de pesquisa instalados no Instituto, salas para atendimento exclusivo de atividades vinculadas à sua proposta de difusão da pesquisa e ao ensino de pós-graduação, além daquelas voltadas para programas de capacitação promovidos pelo IPPDS. No terceiro andar foram planejados laboratórios de pesquisa, além de sala para pesquisadores visitantes. A área total da edificação é pouco mais de 2.000m².

O acesso às instalações do IPPDS se dará por meio de processo seletivo de propostas de pesquisadores interessados em desenvolver projetos interdisciplinares que se enquadrem nas linhas de pesquisa do Instituto e que contem com recursos para o seu financiamento